Inicialmente é realizado um completo diagnóstico das unidades de saúde do município, no que diz respeito às condições físicas, adaptabilidade aos regulamentos da ANVISA, mobiliário e equipamentos disponíveis, a situação do almoxarifado central, as unidades que realizam dispensação, bem como o recrutamento de seleção de pessoal técnico (farmacêutico auxiliares de enfermagem etc.).
A segunda etapa refere-se ao planejamento e execução das obras e providências necessárias ao início das operações. Essa etapa dura de 30 a 60 dias.
Esta implantação pode ser realizada por fases, de forma a iniciar-se pelo almoxarifado central, adequando e equipando-o para exercer as funções básicas de distribuição. A partir de então são implantadas paulatinamente as unidades de dispensação de acordo com o cronograma prévio fixado. É importante ressaltar que nas primeiras fases do processo existe um estoque pré-existente no município, o qual deverá ser distribuído e dispensado pela CEMED sem ônus para a prefeitura.
A partir de então o serviço passa a funcionar na sua plenitude, na gestão, fornecimento, distribuição e dispensação de materiais e medicamentos.